Xét một cách tổng thể, Luật Tố tụng hành chính sử dụng ba phương pháp điều chỉnh: phương pháp quyền uy, phương pháp bình đẳng định đoạt và phương pháp phối hợp – chế ước.
Phương pháp quyền uy là phương pháp điều chỉnh chủ yếu của Luật tố tụng hành chính. Nó được sử dụng để điều chỉnh các đối tượng điều chỉnh quan hệ giữa cơ quan tiến hành tố tụng, người tiến hành tố tụng án với đương sự và với những người tham gia tố tụng. Theo phương pháp này, chủ thể tiến hành tố tụng có quyền áp đặt lên những người tham gia tố tụng; có quyền đơn phương ra quyết định và yêu cầu thực hiện quyết định được đưa ra.
Phương pháp bình đẳng định đoạt là phương pháp chủ yếu được sử dụng để điều chỉnh mối quan hệ giữa các đương sự, những người tham gia tố tụng khác với nhau. Trong đó, các đương sự và những người tham gia tố tụng khác không được áp đặt nhau và hoàn toàn có quyền tự định đoạt những vấn đề liên quan đến quyền lợi hợp pháp của mình trong vụ án. Sự bình đẳng trong tố tụng hành chính nói riêng và trong các ngành luật tố tụng khác nói chung không giống với sự bình đẳng trong quan hệ pháp luật nội dung (pháp luật dân sự, kinh tế, lao động,…). Trong các quan hệ pháp luật tố tụng hành chính, các đương sự không tự đem lại cũng như không thể đem lại sự bình đẳng cho nhau khi tham gia quan hệ, không hiển nhiên thực hiện được sự bình đẳng mà phải được Toà án bảo đảm. Sự bình đẳng ở đây có nội dung là bình đẳng trong việc hưởng quyền và nghĩa vụ trong tố tụng trước Toà án chứ không phải bình đẳng trong việc quyền và nghĩa vụ trong pháp luật nội dung mà họ đang tranh chấp.
Phương pháp phối hợp – chế ước là phương pháp được sử dụng để điều chỉnh Quan hệ giữa cơ quan tiến hành tố tụng (Toà án nhân dân và Viện kiểm sát nhân dân) và người tiến hành tố tụng (Chánh án, Viện trưởng Viện Kiểm sát, Thẩm phán, Hội thẩm nhân dân, Kiểm sát viên, Thư ký Toà án ) với nhau. Theo phương pháp điều chỉnh này, các chủ thể có thẩm quyền tiến hành tố tụng hành chính phải phối hợp với nhau, hổ trợ nhau với mục đích giải quyết vụ án hành chính được nhanh chóng, khách quan và đúng pháp luật. Đồng thời, các chủ thể phải đảm bảo tính đúng pháp luật trong hoạt động tố tụng của các chủ thể tiến hành tố tụng khác. Trong quá trình phối hợp và chế ước đó, địa vị pháp lý về tổ chức và hoạt động của chủ thể không đặt ra mà chỉ dựa chủ yêu vào chức năng của chủ thể tham gia vào quan hệ tố tụng hành chính. Ví dụ, khi Viện kiểm sát cùng cấp hay trên một cấp của Toà án xét xử sơ thẩm kháng nghị theo thủ tục phúc thẩm đối với bản án hoặc quyết định sơ thẩm chưa có hiệu lực thì tính chất và hậu quả của hoạt động kháng nghị là như nhau: bản án, quyết định bị kháng nghị không phát sinh hiệu lực thi hành và thủ tục phúc thẩm được mở ra.
